Hitro prenatalno določanje številčnosti spolnih kromosomov: predstavitev metodologije z verifikacijo postopka / Rapid prenatal detection of sex chromosome aneuploidies: the methodology and the verification

Alenka Erjavec-Škerget, Špela Stangler-Herodež, Boris Zagradišnik, Nadja Kokalj-Vokač
 
ANALI PAZU, 3 (2013), št. / No. 2, strani / pages 95-103
Celotno besedilo / Full text (PDF)
 
Povzetek: Kvantitativna fluorescentna verižna reakcija s polimerazo (QF-PCR) je uveljavljena metoda za usmerjeno, hitro, zanesljivo in poceni določanje najpomembnejših kromosomskih anomalij v prenatalni diagnostiki. To so trisomije kromosomov 13, 18 in 21, ki jih v Laboratoriju za medicinsko genetiko UKC Maribor rutinsko določamo od leta 2008 z lastno razvitim testom. Določanje številčnih sprememb kromosomov X in Y je del QF-PCR testa, ko se ta izvaja kot samostojni test. Trenutno veljavne smernice britanskega združenja za klinično citogenetiko priporočajo usmerjeno diagnostiko oz. preiskovanje prenatalnih vzorcev z metodo QF-PCR ob utemeljenem sumu na številčne anomalije spolnih kromosomov. V prispevku predstavljamo metodologijo in verifikacijo določanja številčnih anomalij kromosomov X in Y z uporabo mikrosatelitnih genetskih označevalcev z metodo QF-PCR. Gre za razširitev zmožnosti QF-PCR analize lastnega razvoja, ki vključuje pripravo optimiziranih kombinacij dodatnih devet začetnih oligonukleotidov, specifičnih za kromosoma X in/ali Y za izvajanje hkratne verižne reakcije s polimerazo. Za verifikacijo smo uporabili 23 predhodno citogenetsko opredeljenih vzorcev s prisotnimi različnimi oblikami odstopanj v številu kromosomov X in Y. Predstavljeni so tudi rezultati verifikacije metode, ki je pokazala 100% ujemanje rezultatov.
Ključne besede: prenatalna diagnostika, humana genetika, številčne kromosomske spremembe, spolni kromosomi, kvantitativna fluorescentna verižna reakcija s polimerazo, QF-PCR.
 
Abstract: Quantitative fluorescent polymerase chain reaction (QF-PCR) is an established method for targeted, fast, reliable, and economically beneficial determination of common chromosomal abnormalities in prenatal diagnosis. The most common chromosomal abnormalities in prenatal genetics are trisomies of chromosomes 13, 18 and 21. In Laboratory of Medical Genetics, University Medical Centre Maribor, we use in-house developed QF-PCR testing for detecting them since 2008. Determination of the numerical changes in sex chromosomes X and Y is part of QF-PCR testing, when it is implemented as a separate test. The current guidelines of the British Association for Clinical Cytogenetics are recommending the use of QF-PCR testing for sex chromosomes only as targeted diagnostics at cases with reasonable suspicion of numerical abnormalities on sex chromosomes. In this paper we present QF-PCR methodology by using 9 additional sex chromosomes microsatellite genetic markers. It is based on the extension of in-house developed QF-PCR analysis, which involves the preparation of optimized combinations of primers, specific for the chromosome X and/or Y in order to carry out the optimal system for simultaneous polymerase chain reaction. For the validation analysis we used 23 cytogenetic well-defined patterns with the presence of different types of numerical variations of chromosomes X and Y. The results of the validation analysis are presented, the 100% matching was achieved.
Key words: medical genetics, prenatal diagnostic, numerical chromosomal abnormalities, sex chromosomes, quantitative fluorescent polymerase chain reaction, QF-PCR.
 
 
Številka revije: